Cẩm Nang Thủ Tục Hải Quan 2026 | Quy Trình, Thuế & Sai Phạm A→Z

I. Thủ tục hải quan là gì? Vì sao doanh nghiệp phải thực hiện?

Thủ tục hải quan là quá trình doanh nghiệp thực hiện khai báo, cung cấp chứng từ, kiểm tra chất lượng – số lượng – chính sách mặt hàng nhằm đảm bảo hàng hóa xuất nhập khẩu tuân thủ đúng quy định pháp luật Việt Nam.

Đối với doanh nghiệp, thủ tục hải quan là nghĩa vụ bắt buộc, nhằm:

• Xác định thuế phải nộp
• Kiểm soát hàng hóa thuộc diện cấm/hạn chế
• Kiểm tra chất lượng & an toàn đối với hàng quản lý chuyên ngành
• Đảm bảo minh bạch thương mại quốc tế

Không làm đúng hoặc thiếu sót → bị phạt, bị dừng thông quan, phát sinh phí lưu bãi.

II. Bộ chứng từ hải quan – đầy đủ & bắt buộc

Dù là nhập khẩu hay xuất khẩu, doanh nghiệp cần chuẩn bị bộ chứng từ:

2.1. Hồ sơ nhập khẩu gồm:

• Invoice
• Packing List
• Hợp đồng (Sales Contract)
• Bill of Lading / AWB
• C/O (nếu có)
• Catalogue (nếu cần xác định HS)
• Giấy phép chuyên ngành (nếu có)

2.2. Hồ sơ xuất khẩu gồm:

• Invoice
• Packing List
• Hợp đồng xuất khẩu
• Vận đơn
• Tờ khai hải quan
• Giấy kiểm dịch (nếu là nông sản – thủy sản)
• C/O theo yêu cầu thị trường nhập khẩu

Thiếu 1 chứng từ -> tờ khai dễ bị luồng vàng hoặc luồng đỏ.

III. Giấy giới thiệu & giấy ủy quyền làm thủ tục hải quan – ai phải ký?

Năm 2025, Hải quan siết chặt kiểm soát người trực tiếp làm thủ tục.
Doanh nghiệp cần:

3.1. Giấy giới thiệu

• Dùng cho nhân viên công ty
• Nội dung phải ghi rõ:
  • Họ tên người làm thủ tục
  • Số CMND/CCCD
  • Chức vụ
  • Tên doanh nghiệp

3.2. Giấy ủy quyền

• Dùng khi doanh nghiệp thuê đơn vị dịch vụ hải quan
• Nội dung theo mẫu chuẩn Tổng Cục Hải Quan
• Hiệu lực: 1 lần hoặc dài hạn theo hợp đồng

Nếu thiếu → có thể bị từ chối làm việc tại chi cục.

IV. Cách tính thuế tờ khai hải quan – chuẩn nhất 2025

Thuế = Giá tính thuế × Thuế suất

4.1. Hàng nhập khẩu

• Thuế nhập khẩu (MFN hoặc ưu đãi nếu có C/O)
• Thuế GTGT (8% hoặc 10% tùy mặt hàng)
• Thuế tiêu thụ đặc biệt (đồ uống, rượu…)
• Thuế bảo vệ môi trường (xăng dầu, túi ni-lông…)

4.2. Hàng xuất khẩu

• Nhiều mặt hàng thuế = 0%
• Một số có thuế (tài nguyên, khoáng sản, phế liệu)

Đặc biệt: dùng C/O đúng loại giúp giảm thuế về 0–5%.

V. Quy trình thủ tục hải quan 2025 – từ A đến Z

Bước 1 – Kiểm tra chứng từ

Đảm bảo đồng nhất: tên hàng, số lượng, mã HS.

Bước 2 – Truyền tờ khai VNACCS

Hệ thống phân luồng:

• Xanh → Thông quan ngay
• Vàng → Kiểm tra hồ sơ
• Đỏ → Kiểm tra thực tế hàng hóa

Bước 3 – Làm chuyên ngành (nếu có)

• Kiểm dịch
• Kiểm tra chất lượng
• Kiểm nghiệm
• Dán tem CR, hợp quy

Bước 4 – Nộp thuế

Thanh toán qua ngân hàng bằng nộp điện tử.

Bước 5 – Thông quan & lấy hàng

VI. Quy trình kiểm tra chất lượng hàng hóa xuất nhập khẩu

Các mặt hàng có điều kiện bắt buộc phải đăng ký trước khi thông quan:

• Điện – điện tử
• Thiết bị gia dụng
• Thực phẩm – đồ uống
• Mỹ phẩm
• Dược phẩm
• Phân bón – hóa chất
• Máy móc cũ

Bước 1: Chuẩn Bị Hồ Sơ Đăng Ký Kiểm Tra

Giấy tờ chính:

• Đơn “Đăng ký kiểm tra nhà nước về chất lượng hàng hóa nhập khẩu” theo mẫu quy định
• Bản sao chứng chỉ chất lượng đã được chứng thực hợp lệ
• Tài liệu kỹ thuật bổ sung có liên quan (bản sao xác nhận)

Chứng từ thương mại:

• Vận đơn (Bill of Lading – B/L)
• Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice)
• Tờ khai hàng hóa nhập khẩu
• Giấy chứng nhận xuất xứ (Certificate of Origin – C/O) nếu có yêu cầu
• Hợp đồng mua bán (Sales Contract) và danh mục hàng hóa kèm theo (Packing List)

Tài liệu mô tả sản phẩm:

• Hình ảnh hoặc bản mô tả chi tiết hàng hoá
• Mẫu nhãn hàng nhập khẩu đã gắn dấu hợp quy
• Nhãn phụ (trong trường hợp nhãn chính chưa đầy đủ thông tin theo quy định)

Bước 2: Tiếp Nhận Và Xử Lý Hồ Sơ

Chi cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng sẽ tiếp nhận và thực hiện kiểm tra tính đầy đủ, hợp lệ của toàn bộ hồ sơ đăng ký.

Bước 3: Thẩm Định Và Kiểm Tra

Trường hợp hồ sơ đầy đủ:

• Cơ quan tiếp nhận hồ sơ và tiến hành kiểm tra theo đúng quy định
• Thực hiện lấy mẫu và kiểm nghiệm chất lượng sản phẩm

Trường hợp hồ sơ thiếu sót:

• Thông báo yêu cầu bổ sung cho người đăng ký
• Hướng dẫn cụ thể về các giấy tờ cần bổ sung

Thời gian xử lý:

• Trong vòng 3 ngày làm việc, cơ quan chức năng sẽ hoàn thành kiểm tra
• Đánh giá kết quả và gửi trả hồ sơ cho doanh nghiệp

Bước 4: Nhận Kết Quả Kiểm Tra

Căn cứ vào thời hạn giải quyết đã được thông báo, cá nhân hoặc tổ chức cần đến Chi cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng để nhận kết quả kiểm tra chính thứ

VII. Những rủi ro hay gặp & cách phòng tránh khi làm thủ tục khai báo hải quan

7.1. Sai mã HS

Dễ dẫn đến:

• Truy thu thuế
• Lung vàng hoặc đỏ
• Xử phạt hành chính

Cách tránh:
→ Kiểm tra HS trước khi nhập hàng + xin xác định trước mã HS (nếu sản phẩm phức tạp).

7.2. Sai khai số lượng – trị giá

→ Bị nghi gian lận thương mại → lập biên bản.

7.3. Thiếu giấy tờ chuyên ngành

Điển hình: mỹ phẩm, dầu ăn, rượu, trái cây…

7.4. Hàng thuộc dạng đặc biệt nhưng không biết

Như:

• Thực phẩm bổ sung
• Thiết bị y tế
• Máy móc đã qua sử dụng
• Động vật sống

→ Phân luồng đỏ ngay từ đầu.

VIII. Những khó khăn khi doanh nghiệp tự khai hải quan

• Không nắm chính sách mặt hàng → sai HS
• Không biết quy trình tại từng chi cục → tốn thời gian
• Không biết chuẩn bị hồ sơ chuyên ngành
• Không biết cách xử lý khi bị “đòi bổ sung chứng từ”
• Không biết tối ưu thuế nhập khẩu

→ Dẫn đến phát sinh chi phí: DEM/DET, storage, penalty.

Giải pháp tốt nhất: thuê đơn vị hải quan chuyên nghiệp (An Pha).

IX. Sai phạm thường gặp & mức phạt năm 2025

Theo Nghị định 128/2020/NĐ-CP:

X. Các trường hợp KHÔNG phải làm thủ tục hải quan

• Hàng tạm nhập tái xuất trong khu phi thuế quan
• Hàng quá cảnh không dỡ hàng
• Một số hàng viện trợ, quà biếu đặc biệt
• Một số trường hợp theo quy định Điều 16 Nghị định 08

(Lưu ý: vẫn phải có chứng từ vận chuyển.)

XI. Thủ tục nộp lệ phí & thuế hải quan

Từ năm 2024, doanh nghiệp nộp thuế qua:

• eTax
• Internet banking của ngân hàng
• Cổng thanh toán của Hải Quan

Thời gian ghi nhận thuế: 1–3 phút.

XII. Mua bán 3 bên (3PL Trade) – Những lưu ý quan trọng

• Người mua & người bán ở 2 quốc gia khác nhau
• Hàng đi trực tiếp từ nước A → nước C
• Hợp đồng cần 2 bộ: A–B và B–C
• Hóa đơn trung gian phải khớp giá trị thanh toán

Sai sót dễ bị hải quan nghi “gian lận giá”.

XIII. Doanh nghiệp nên tự khai hay thuê dịch vụ hải quan?

→ Nếu doanh nghiệp chưa có nhân sự chuyên trách → nên thuê.

**Xem thêm: Dịch vụ Khai Báo Hải Quan Trọn Gói tại AlphaTrans

XIV. Hướng dẫn chọn đơn vị dịch vụ hải quan uy tín

• Có mã đại lý hải quan
• Có kinh nghiệm ngành hàng của bạn
• Cam kết thời gian thông quan
• Báo giá rõ ràng
• Có chứng từ mẫu / quy trình minh bạch

XV. Top 10 kinh nghiệm làm hải quan hiệu quả 2025

• Kiểm tra HS trước khi nhập hàng
• Kiểm tra chính sách mặt hàng
• Chuẩn bị đủ hồ sơ chuyên ngành
• Chọn forwarder uy tín
• Theo dõi tiến độ tàu/chuyến bay
• Khai đúng — không khai thừa
• Lưu lại toàn bộ chứng từ
• Kiểm soát phí DEM/DET
• Chủ động xử lý khi phân luồng
• Sử dụng dịch vụ hải quan trọn gói

XVI. Kết luận – Nên làm gì để tránh rủi ro thủ tục hải quan?

• Tối ưu chứng từ
• Đúng HS
• Đúng chính sách mặt hàng
• Chuẩn quy trình VNACCS
• Hiểu quy định 2025

Nếu doanh nghiệp không có chuyên viên chứng từ → sử dụng dịch vụ trọn gói là lựa chọn tối ưu.

XVII. Thông tin liên hệ tư vấn thủ tục hải quan tại AlphaTrans